wetenschap

Ons team werkt samen met een aantal taskforces in de bio-informatica. Elk van die taskforces is gestart om samen te werken aan de ontwikkeling van een platform voor hun deelgebied: een set softwaretools die samenwerken om de problemen op te lossen die iedereen in het veld moet oplossen. Voor de ontwikkeling van het platform zijn geen nieuwe bioinformatica-ontwikkelingen nodig: het doel is om bestaande tools samen te voegen.

Het voordeel van het beschikbaar hebben van deze platforms ligt voor de hand:

• voor een bioloog bestaat het voordeel erin dat alle de facto standaard tools met één druk op de knop beschikbaar zijn.
• voor een gespecialiseerde bio-informatica-onderzoeker die aan een nieuwe tool werkt, is het voordeel dat hij niet te maken heeft met de fijne kneepjes van alle andere tools, en zijn nieuwe tool in het platform kan pluggen met behulp van goed beschreven protocollen.

Om tot de ontwikkeling van een dergelijk platform te komen, is er een bootstrapping-probleem. De situatie is als een tafel met aan de ene kant biologen en aan de andere kant bio-informatici. Boven de tafel een dikke (vulkanische?) mist. De lay-out van het platform is in diagrammen op tafel getekend: alle tools die de gemeenschappelijke workflow vormen, met al hun relaties. Aan de kant van de bio-informatici geeft het schema de concrete handvatten weer. Door de mist kunnen ze vaag de workflow aan de andere kant van de tafel zien. Voor de biologen ziet de situatie er heel anders uit: zij hebben een duidelijk zicht op de concrete workflow die ze nodig hebben, maar de tools zijn vage entiteiten die alleen zichtbaar zijn door de dichte mist.

Zonder goede ondersteuning van een projectleider die kan luisteren naar mensen aan beide kanten van de tafel, zullen de bio-informatici de zeer concrete problemen die ze tegenkomen proberen op te lossen met hun zeer concrete individuele tools. Een beetje optimalisatie hier, een betere dataopslag daar. Niets hiervan is zichtbaar voor de biologen.

Daarom zetten we projectleiders van ons engineeringteam in elk van de taskforces. Ze zullen de focus van de bio-informatici richten op meer zichtbare veranderingen. Werk aan gemeenschappelijke gegevensformaten. Werk aan (gemeenschappelijke) gebruikersinterfaces.

Door de vertaalslag ontstaan de echte samenwerkingsvoordelen. Die zal de mist wegblazen. Plots kunnen de biologen zien wat er aan de hand is. Zij kunnen gerichte feedback geven. En de bio-informatici zullen de workflow zelfs van hun kant kunnen zien en erop kunnen voortbouwen.

Afbeelding: drie weergaven van drie tafels, door EJP Photo op Flickr.

De BiGGrid gebruikersdag wordt georganiseerd in de Beurs van Berlage in Amsterdam. Als je door het moderne glazen plafond breekt komt je in het oude monumentale gebouw. #conference

Nooit van mijn leven heb ik zoveel post-it notes bij elkaar gezien als op de brainstorn-dag voor Open PHACTS in Manchester #work #openphacts #conference #postit

Ann Martin legt uit hoe IMI werken bij de #datasharing11 conferentie in een zaal met zicht op de haven van Volendam

#conference 

An array of speakers lined up for their lightning talks at the Dutch Semantic Web Meetup #dswm #conference

De conferentiezaal voor de   Galaxy community Conference in Lunteren is vol! #usegalaxy

Koffie om de NBIC communicatiedag mee te beginnen. #work

Lunch voor de opening van de #opsssls meeting #volendam #spaander

Twee planeten en een heel dun schijfje maan vroeg in de avond.

#astronomie

NBIC hackathon net begonnen. Wat kunnen we aan elkaar knopen? #nbic #hackathon #work

Veel mensen gingen naar buiten om te lunchen bij de #nbic #conferentie…. Maar ook buiten is het rustig. Zijn ze soms verdwenen in het bos? #summer

Workshop over kwaliteit van software bij de 5e NBIC-conferentie. Het onderwerp wordt geintroduceerd door  Machiel Jansen van SARA. #nbic5

Ik ben (een beetje laat) gegrepen door de Puzzling Adventures van december 2003 van Dennis E. Shasha in Scientific American: verrassende reeksen.

#momentum #ngi #conference

In August 1999 a solar eclipse moved over Europe. It was complete in a small band from the tip of French Normandy to the east-north-east. All of Europe went out on that single day to get a glimpse of the totality.

Chemie als zelfstandig naamwoord heeft in het dagelijks leven twee totaal verschillende betekenissen:

• Een goede sociale relatie:

'Het was zichtbaar dat er chemie was tussen die twee mensen'

• Iets gerelateerd aan een verbinding die zogenaamd slecht is voor mens of milieu. "Chemisch" wordt vaak gebruikt als synoniem voor giftig:

"Er lekte een chemische stof uit de container in zee, waardoor de vissen in gevaar kwamen"

Hoe komt het dat deze twee betekenissen van hetzelfde woord zulke extreem verschillende connotaties hebben? Het wetenschappelijke woord chemie vertegenwoordigt immers elke vorm van reactie tussen twee verbindingen en heeft op zichzelf geen positieve of negatieve betekenis. Water is een chemische stof. Het leven is chemie.

Als chemicus zou ik willen dat ik de negatieve connotatie van moleculaire chemie in het nieuws kon veranderen. Maar als het me echt niet lukt, kan ik misschien de maatschappelijke betekenis van chemie beïnvloeden om dingen consistent te maken:

"Er was chemie tussen die twee! Toen ze elkaar voor het eerst ontmoetten, probeerde ze hem te vergiftigen. Zodra hij hersteld was, explodeerde hij in woede."

Op de een of andere manier heb ik het gevoel dat dit niet zo bevredigend zou zijn.

[afbeelding: Nic McPhee op flickr]

Op de ochtend van 8 juni 2004 ging de planeet Venus voor de zon langs. Omdat het mooi weer was heb ik op het dak van ons kantoor in Delft onze telescoop opgezet en een beeld van de zon op een wit vel papier geprojecteerd. Gedurende de zes uur die het spektakel duurde zijn we regelmatig met verschillende collega's live gaan kijken.

The morning of June 8, 2004 the planet Venus moved in front of the sun. Since it was beautiful weather, I mounted my telescope on top of our office building in Delft and projected the image of the sun on a white sheet of paper. During the six hours of the event, we regularly paid a visit with different colleagues to take a live look.

Via twitter zag ik een heel cynische opmerking over het stellen van vragen na een wetenschappelijke lezing met een stroomschema dat de meeste mensen ontmoedigt om ook maar iets te vragen. Dit komt totaal niet overeen met mijn ervaring met het organiseren van symposia en congressen. Meestal zijn vragen zeer welkom en zijn mensen veel te verlegen om hun visies te delen. Ik heb daarom een weerlegging gemaakt in de vorm van het volgende stroomschema dat volgens mij een betere weergave is van de te volgen gedachtegang.

Een gedeeltelijke zonsverduistering aan de overkant van onze straat. #home #eclipse