Bepaling van absolute structuur met Röntgendiffractie
Laatste nieuws
- May 2013: Simon Parsons, Howard Flack en Trixie Wagner hebben een paper gepubliceerd (Acta Cryst. B69, 249-259) waarin een aantal structuren wordt verfijnd op Bijvoet-verschillen en op door hun daarvoor gemaakte quotiënten. Deze procedure kan de vermoedelijke correlaties tussen de absolute structuur en andere structurele parameters behandelen. Een van hun conclusies is dat er geen verschil te zien is: post-refinement bepaling van absolute structuur met behulp van Gaussische foutverdelingen in PLATON of CRYSTALS is even goed als hun full-matrix verfijningen.
- March 2011: We hebben een screencast gemaakt waarin we laten zien hoe PLATON kan worden gebruikt om de absolute structuur volgens onze methode te bepalen.
- March 2011: We hebben een fout in een formule gevonden in ons paper uit 2009 over het gebruik van t-distributie in probability plots. Zie: Erratum
- February 2011: Onze methode is nu onderdeel van en wordt automatisch gerund in OLEX2
- August 2010: Ons paper met de titel Using the t-distribution to improve the absolute structure assignment with likelihood calculations is gepubliceerd in Journal of Applied Crystallography, 2010, Volume 43, pages 665-668.
Background
Sinds J.M. Bijvoet ontdekte dat röntgenkristallografie gebruikt kon worden om de absolute structuur van moleculen te bepalen, is deze techniek vele malen verfijnd.
Our quest for absolute structures of C/H/N/O crystals
Deze pagina concentreert zich op de discussie over een methode beschreven door Rob Hooft, Leo Straver en Anthony Spek die in februari 2008 is gepubliceerd in het Journal of Applied Crystallography: J. Appl. Cryst. (2008). 41, 96-103 (pdf). Deze methode geeft een betrouwbaardere berekening van de absolute structuur dan andere bestaande methoden. Stel je voor: je kunt eindelijk de absolute structuur bepalen voor een structuur die geen atomen bevat die zwaarder zijn dan zuurstof. Zonder toevlucht te nemen tot uitzonderlijke dataverzamelingstechnieken. Het is eenvoudig met CuKa, maar in goede gevallen kan het zelfs met een MoKa-dataset.
U krijgt niet alleen een kwalitatieve toewijzing van de absolute structuur, maar ook een kwantitatieve schatting van de betrouwbaarheid van die toewijzing. Het artikel gebruikt een combinatie van maximum likelihood estimation en Bayesiaanse statistiek om te berekenen:
- Een waarde y, vergelijkbaar in waarden met de Flack x parameter, en bijhorende standaardafwijking. Deze berekening doet geen enkele veronderstelling over de samenstelling.
- Twee bij elkaar horende waarden P2(right) en P2(wrong) die de waarschijnlijkheden aangeven dat de gegeven absolute structuur correct of fout is, gegeven de voorkennis dat de verbinding enantiopuur is.
- Drie bij elkaar hordende waarden P3(right), P3(twin) and P3(wrong) die respectievelijke waarschijnlijkheden geven dat de absolute structuur goed is, dat je te maken hebt met een 50%/50% inversion twin, of dat de absolute structuur moet worden omgedraaid. Dit gebruikt de voorkennis dat het kristal geen inversietwin kan zijn met een andere verhouding.
Deze methode is tenminste geimplementeerd in PLATON, in OLEX2, en in CRYSTALS
Meer informatie
- Bibliography van literatuur over absolute-structuurbepaling.
- Veelgestelde vragen over onze statistische methode.
- Presentaties door de auteurs en gebruikers van de methode.
Vragen of suggesties
Wanneer u vragen hebt over de methode of de toepassing daarvan, of een suggestie hebt voor het verbeteren van deze webpagina's, stuur dan een e-mail.